全ての試行に対して記録を取っていたわけではないのですが、掘りのパターンが固まり軌道に乗ってきたあたりから取得したアイテムの記録を一応取っていました。772回分です。
【記録を取っていた772回分のチョコボ掘りデータ集計】
| 針ニッケル鉱 | 52個 | 6.74％ | （12.8％） |
| 菱マンガン鉱 | 90個 | 11.66％ | （12.8％） |
| 輝コバルト鉱 | 109個 | 14.12％ | （12.7％） |
| チョコボの羽 | 83個 | 10.75％ | （10.2％） |
| チョコボの尾 | 80個 | 10.36％ | （9.9％） |
| 砂金 | 81個 | 10.49％ | （9.5％） |
| あかつきの露 | 65個 | 8.42％ | （8.4％） |
| たそがれの露 | 71個 | 9.20％ | （7.6％） |
| 金塊 | 54個 | 6.99％ | （6.3％） |
| モーグリのパペット | 48個 | 6.22％ | （5.0％） |
| チョコボのぬいぐるみ | 39個 | 5.05％ | （4.8％） |
データの比較対象としてアルティマニアデータに掲載されている確率を併載してみました。
（）付きで書かれているものがそれです。
明らかに奇妙なのが針ニッケル鉱。どう見ても少なすぎです。
正直データ集計ミスを疑うレベルなのですが、記録の取り方からして針ニッケルだけを集計漏れし続けるというのは考えにくいのです。
やり方としては1時間〜1時間半程度を1サイクルとして、作業が一通り区切りが付いたら（というか聞いているウェブラジオが一段落して飽きてきたら）その時に持っているアイテムを一通り売却し、プレー時間と所持ギルをメモして作業終了していたのですが、売却する前に売却対象となるアイテムに関してもメモを取っていたのです。 当然サイクル毎にアイテムの入手順（アイテム欄に並ぶ順）は変わってくるので、特定のアイテムだけ見落とし続けるというのは無いと思われるのです。
まぁ針ニッケル、菱マンガン、輝コバルトあたりはどれが来ても対して変わらないじゃねーかってことで集計時にごっちゃになっていた可能性もありますし、この３つ以外の残りのアイテムの発掘分布はほぼアルティマニアと同様の傾向を示しています。
ただ、このチョコボ掘りに関しては単純な確率分布だけで説明が付くのかという奇妙な偏りを見せる事があります。
正直気のせいだと言われればそうかもしれないと言わざるを得ません（事実この通り全体のデータとしてはアルティマニア掲載値からそう大きくずれてはいません。800近い試行回数ならばもっと中央値に収束するのが筋ですが）
ここのところはクリスタリウム封印プレーをやったようなチョコボ掘りを集中的にされた他の方の意見を聞いてみたいところです。私は変だなぁとは思いつつも、検証するのが面倒で何も考えずずっとセーブロード法でひたすら掘ってました。
私の知る限りではチョコボ掘りに関して深い言及をされているさらさ la 3rd様のチョコボ掘りデータを初めとしてブログ内のチョコボ掘りに関する記事が参考になります。